MSO 운영가이드 1편 — 설립보다 운영 기록이 먼저다

병원경영지원회사(MSO, Management Services Organization)를 다룬 글은 대부분 설립 방법과 절세 효과에서 끝납니다. 그런데 실제로 문제가 드러나는 시점은 설립 뒤 몇 년이 지난 운영 단계입니다. 이 연재는 MSO를 이미 두었거나 두려는 원장님이 운영 단계에서 무엇을 기록하고 관리해야 하는지를 다룹니다. 1편은 출발점으로, 넘으면 안 되는 선과 매달 남겨야 할 기록을 정리합니다. MMTUM(에이룬컴퍼니)은 MSO 설립과 초기 1~2년의 운영 체계를 잡는 일을 도와 왔고, 이 연재는 그 과정에서 반복해서 받은 질문을 바탕으로 합니다.

1. 문제는 설립이 아니라 운영에서 생긴다

조세심판원 결정(조심2023광10835)에서는 세무조사 결과 MSO가 병원에 발행한 세금계산서가 용역 제공 없이 주고받은 가공세금계산서로 확인됐다고 적고 있습니다. 회사를 세우고 계약서를 쓰고 매달 수수료를 주고받았더라도, 실제로 어떤 경영지원 업무를 했는지 보여 주지 못하면 거래 자체가 부인될 수 있다는 뜻입니다.

세무사신문은 2024년 10월, 서울행정법원이 MSO가 환자에게서 의료비를 직접 받고 세금계산서를 발행한 거래를 허위 세금계산서로 보아 위법하다고 판단했다고 보도했습니다. 법원은 의료비는 의사가 받아 자기 매출로 처리하고, MSO는 의사에게 관리·결제대행 용역 대가를 청구했어야 한다고 봤습니다. 돈이 흐르는 길을 잘못 그으면 경영지원이 아니라 다른 거래로 읽힐 수 있다는 사례입니다.

두 사례 모두 설립 서류가 아니라 매달의 운영 방식이 쟁점이 됐습니다.

2. 넘으면 안 되는 선: 개설과 운영은 의료인의 몫

의료법 제33조 제2항은 의료기관을 개설할 수 있는 자를 의사·치과의사·한의사·조산사, 국가·지방자치단체, 의료법인, 비영리법인 등으로 정합니다. 이를 위반해 의료기관을 개설하거나 운영한 자는 같은 법 제87조에 따라 10년 이하의 징역이나 1억원 이하의 벌금에 처해집니다. 또 제33조 제8항은 의료인이 어떠한 명목으로도 둘 이상의 의료기관을 개설·운영할 수 없다고 정합니다.

그래서 MSO의 일은 의료행위 바깥에 있어야 합니다. 진료와 처방, 환자 수납, 의료진 채용 결정처럼 병원 운영의 핵심 판단은 원장이 하고, MSO는 인사·급여 행정, 구매, 시설 관리, 마케팅 실무, 전산 같은 지원 업무를 맡는 구조가 기본입니다. 어디까지가 지원이고 어디부터가 운영인지는 개별 사실관계에 따라 판단되므로, 업무 범위를 정할 때는 의료법에 밝은 변호사의 검토를 받는 것이 안전합니다.

3. 수수료는 금액보다 산정 근거가 남아야 한다

의료보건 용역은 부가가치세가 면제되지만, MSO가 병원에 제공하는 경영지원 용역에는 부가가치세가 붙습니다. 병원은 면세사업자라 이 부가가치세를 매입세액으로 공제받기 어렵습니다. 수수료를 정할 때 이 10%가 병원 비용으로 남는다는 점을 함께 계산해야 합니다.

원장 본인이나 가족이 MSO 지분을 가진 경우, 병원과 MSO는 특수관계에 있는 거래가 됩니다. 이때 수수료가 시가보다 높으면 세법상 부당행위계산 부인 규정(법인세법 제52조, 소득세법 제41조)이 적용될 수 있습니다. 문제가 되는 것은 대개 거래 자체가 아니라 가격입니다. 그래서 "매출의 몇 %"라는 결과보다 "어떤 업무에 얼마의 인력과 비용이 들었는가"라는 산정 근거를 문서로 남기는 것이 중요합니다. 구체적인 수수료 수준은 세무대리인과 함께 정하시길 권합니다.

4. 매달 남겨야 할 운영 기록 5가지

위 두 쟁점은 결국 하나로 모입니다. MSO가 실제로 일했다는 것을 매달 보여 줄 수 있느냐입니다. 운영 단계에서 다음 다섯 가지를 매달 남겨 두면 대부분의 질문에 답할 수 있습니다.

• 업무 범위표: 계약서에 적은 지원 업무 목록과, 이번 달 실제로 수행한 업무를 같은 항목으로 나란히 적은 표
• 업무 산출물: 급여 대장, 구매 발주 내역, 마케팅 실행 보고서, 시설 점검 기록처럼 업무를 했다는 결과물
• 인력 투입 기록: MSO 소속 인력이 병원 지원 업무에 쓴 시간이나 담당 업무 기록
• 월 정산서: 수수료 산정 방식에 따라 이번 달 금액이 어떻게 나왔는지 보여 주는 계산서
• 대조 기록: 정산서 금액, 세금계산서, 실제 이체 내역이 서로 맞는지 확인한 기록

이 기록은 문제가 생긴 뒤에 만들면 늦습니다. 매달 같은 날 같은 양식으로 쌓여 있어야 증빙으로서 힘이 있습니다.

5. 기록이 쌓이지 않는 이유는 대개 사람이 손으로 해서다

대부분의 병원은 이 기록의 중요성을 알고 있습니다. 그런데도 비어 있는 이유는 바쁜 달에 누군가 손으로 정리해야 하기 때문입니다. 업무 범위표와 월 정산서처럼 형식이 정해진 문서는 급여·구매·이체 데이터에서 자동으로 만들 수 있고, 매달 정해진 날 원장에게 요약을 보내도록 할 수 있습니다. 사람이 기억해서 하는 일을 정해진 시간에 돌아가는 일로 바꾸면, 기록이 빠지는 달이 사라집니다.

다음 편: MSO 운영가이드 2편 — 실제 MSO 1년 반, 업무별로 남긴 산출물

6. 이번 달에 할 수 있는 일 3가지

1. MSO 계약서의 업무 범위 조항을 꺼내, 지난달 실제로 한 업무와 한 줄씩 대조해 봅니다. 2. 수수료가 어떤 방식으로 산정되는지 계약서와 실제 정산이 같은지 확인합니다. 3. 지난 3개월의 정산서·세금계산서·이체 내역이 서로 맞는지 맞춰 보고, 빈 곳을 세무대리인과 점검합니다.

MMTUM은 이런 반복 기록을 사람 손 대신 정해진 시간에 만들어지도록 업무 흐름을 정리하는 일을 돕습니다. 업무 자동화 시연 보기

본 글은 일반 정보 안내이며, 의료법 위반 여부와 세무 처리는 개별 사실관계에 따라 달라지므로 변호사·세무사 등 전문가 상담이 필요합니다.