법인 비정기 세무조사 증가, 대표 입출금 증빙은 갖췄나

이데일리가 2026년 10월 10일 보도한 기사에 따르면 법인 비정기 세무조사는 2023년 1483건에서 2025년 1827건으로 늘었습니다. 숫자만 보면 불안해지지만, 중소기업 대표에게 필요한 것은 불안이 아니라 점검입니다. 이 글은 그 점검을 대표와 회사 사이에 오간 돈에 한정해 정리합니다.

1. 보도가 말하는 것과 말하지 않는 것

이 수치는 2021~2025년 실적입니다. 2026년 조사 실적도, 새로운 선정 기준도 아닙니다. 모든 중소기업의 조사 가능성이 높아졌다는 뜻으로 읽으면 과합니다. 같은 기사에서 법인 조사 건수는 늘었지만 2025년 부과세액은 전년보다 줄었다고 하므로, 부과세액까지 계속 늘었다고 쓰는 것도 맞지 않습니다. 또 기사는 가수금이나 임원보수를 조사 증가의 원인으로 제시하지 않았습니다. 아래 내용은 보도를 근거로 한 경고가 아니라, 보도를 계기로 해 볼 수 있는 자체 점검입니다.

2. 잔액이 맞아도 거래가 설명되지 않을 수 있다

대표가 회사에 자금을 넣거나 회사에서 받아 간 돈은 성격에 따라 확인할 자료가 다릅니다. 많은 회사가 가수금 같은 계정의 잔액이 장부와 맞는지는 봅니다. 그런데 잔액이 맞는다는 것과 거래 하나하나를 설명할 수 있다는 것은 다른 이야기입니다.

그래서 계정별 원장의 거래 내용과 실제 이체내역을 날짜와 금액 기준으로 나란히 놓고 대조해 보시길 권합니다. 이 돈이 왜 오갔는지 한 줄로 설명되는지가 기준입니다. 설명이 막히는 거래가 있다면 그것이 보완 대상입니다. 대표와 법인 사이의 거래를 일괄적으로 문제가 있는 것으로 볼 이유는 없습니다. 다만 사유와 증빙이 비어 있으면 나중에 설명하기 어렵습니다.

3. 보수·배당·상환은 근거 서류까지

임원보수, 배당, 차입금 상환으로 처리한 거래는 장부 계정만으로 끝나지 않습니다. 보수라면 지급을 정한 결의나 규정, 배당이라면 그에 맞는 결의 절차, 상환이라면 차입 당시의 계약과 상환 일정이 함께 있는지 확인합니다. 처리한 이름과 서류가 서로 맞아야 설명이 이어집니다. 어떤 처리가 적절한지는 회사 사정에 따라 달라서, 이 부분은 세무대리인의 검토가 필요합니다.

4. 이번 주에 할 수 있는 행동 3가지

1. 재무 담당자에게 올해 대표·임원과 법인 사이의 입출금 내역과 관련 계정별 원장을 요청합니다. 2. 거래 사유나 증빙이 빠진 항목에 표시를 하고, 계약서·결의서·이체내역을 모읍니다. 3. 확인되지 않은 거래 목록을 세무대리인에게 보내 처리 근거와 보완할 자료를 확인합니다.

MMTUM은 이런 점검을 대표가 혼자 떠안지 않도록 정리하는 것을 돕습니다. 거창한 준비가 아니라 목록 하나에서 시작하면 됩니다.

본 글은 일반 정보 안내이며 개별 판단은 전문가 상담이 필요합니다.

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