28년 묵은 정관, 한 번 정비가 향후 10년 절세를 결정합니다
자기주식 20% 누적·우선주 방치·임원퇴직금 규정 누락 — 매출 폭증기 SW 중기업 정관 정비 가이드

정관, 마지막으로 손 본 게 언제입니까

28년 묵은 정관, 한 번도 안 고쳐도 되는 줄 아셨다면 그 회사 임원 퇴직금은 손비 인정 못 받을 가능성이 높습니다.

특히 매출이 50억대에서 80억대로 폭증한 시스템 소프트웨어 개발 중기업 케이스를 보면, 정관 한 번 정비로 4가지 이슈를 동시에 정리할 수 있는 골든타임이 옵니다. 자기주식 누적, 우선주 처리, 60대 후반 대표의 승계 준비, 임원 퇴직금 손비 처리까지 한 번에 묶어내는 패턴을 정리해드립니다.

1. 28년차 SW기업의 정관에 쌓인 4가지 시한폭탄

설립 28년차, 임직원 20명대, 매출 80억대까지 성장한 시스템 통합·소프트웨어 개발 중기업. 외형은 안정적이지만 정관을 펼쳐보면 보통 이런 시한폭탄들이 쌓여 있습니다.

1) 자기주식 20%대 누적 — 28년간 IPO 무산·기존 주주 정리 과정에서 회사가 자기주식을 사들인 누적분이 발행주식의 20%를 넘는 케이스가 흔합니다. 자기주식은 의결권도 배당권도 없는데 회사가 보유 비용만 부담하는 자산입니다.

2) 우선주 발행 후 방치 — 과거 자본 조달 시 발행한 우선주 1~2만 주가 정관에 권리 규정 없이 그대로 남아있습니다. 전환·상환·소각 조항이 모호하면 향후 분쟁 소지가 큽니다.

3) 임원 퇴직금 규정 누락 — 정관에 임원 퇴직금 근거 조항이 없거나 별도 지급규정이 없으면 퇴직금 손비 인정 불가입니다. 60대 후반 대표의 향후 퇴직금이 통째로 비용처리 안 됩니다.

4) 2024년 개정 상법 미반영 — 자기주식 소각 절차, 전자증권 의무화, 이사회 결의 사항, 임원 보수 한도. 2024년 개정 상법이 요구하는 정관 명시 사항이 누락되어 있으면 향후 주주총회 결의 자체가 무효 다툼 대상이 됩니다.

2. 자기주식 20%, 소각하지 말고 임원 퇴직금 재원으로 묶어두십시오

자기주식 20% 처리에 정답은 없지만 이익소각 + 임원 퇴직금 재원 두 갈래로 나누는 게 가장 깔끔합니다.

A안: 이익소각 (이익잉여금 차감) - 자기주식 일부를 이익잉여금으로 차감해 소각 - 의제배당 과세 발생하지만 법인주주(관계회사)에게는 익금불산입 적용 가능 - 자본금은 그대로 유지, 잉여금만 정리

D안: 임원 퇴직금 재원으로 현물지급 - 자기주식 일부를 정관에 임원 퇴직금 재원으로 명시 - 대표 퇴직 시 현물지급 → 퇴직소득 분류과세 (근속연수 18~20년 가산) - 종합소득 합산 회피 → 한계세율 50%대 회피 가능

자기주식 2만 주를 A안 1만 주(이익소각) + D안 1만 주(임원 퇴직금 현물 재원)로 나누면, 자본 정비와 향후 퇴직금 절세가 한 번에 정리됩니다. 단 D안은 정관에 자기주식의 임원 퇴직금 재원 사용 가능성을 명시해두어야 하고, 별도 임원퇴직금 지급규정도 동시에 제정해야 합니다.

3. 60대 후반 대표 — 정관 정비와 승계 골든타임을 한 번에

만 60대 후반 단독 대표 체제 회사는 시간이 핵심입니다.

가업승계 증여세 과세특례(조특법 30조의6)는 부모 70세 전 5년 사후관리 시작이 안전합니다. 만 67세면 D-3년이 남습니다. 70세를 넘기면 5년 사후관리가 부모 사망 리스크와 겹쳐 추징 위험이 커집니다.

자녀 승계 의향이 확인되면 다음 3단계를 정관 정비와 동시에 진행합니다.

1단계 (1개월 내): 정관 일제 정비 + 임원퇴직금 지급규정 제정 + 법인 가치 평가 2단계 (3~6개월): 자기주식 처분 방안 결정(A+D 조합) + 경영인정기보험 가입 (사업연속성 10~20억 보장) 3단계 (1~3년): 가업승계 인적분할 검토 (관계사 지분 처리 후 신설법인 가업특례 적용)

특히 단독 대표 체제는 경영인정기보험으로 사망 리스크 즉시 커버해야 합니다. 회사 수익자로 가입하면 사망 시 사업연속성 자금 확보 + 평소 비용처리 + 만기환급금은 임원 퇴직금 재원으로 전환 — 일석삼조입니다.

4. 동시에 점검할 것 — 부채비율과 경정청구

매출이 3년 사이 50억대에서 80억대로 폭증한 회사는 부채비율이 자연히 올라갑니다. 자기자본 8억대로 자산 38억대를 떠받치면 부채비율 350%대가 흔합니다.

• 중진공 신성장기반자금 — 매출 폭증기 운영자금. 한도 30~60억.
• 기보 R&D 자금 — SW개발·특허 R&D 활성 기업 보증한도 30억.
• 신용보증기금 일자리창출보증 — 임직원 추가 고용 시 보증 우대.

또한 5년 이내 경정청구 점검도 필수입니다. 고용증대 세액공제·R&D 세액공제가 누락된 경우가 흔하고, 특히 2025년 12월 31일까지 한시 특례로 2016~2019 결손으로 사장된 고용공제까지 경정청구가 열려 있습니다. 28년차 회사라면 누적 환급 가능액이 의외로 큽니다.

5. 결론 — 정관 정비는 절세가 아니라 시간 관리입니다

28년차 SW기업이 매출 폭증기에 가장 먼저 점검해야 할 것은 정관입니다. 자기주식·우선주·관계회사 지주구조·임원 퇴직금 규정이 누적된 회사일수록 2024년 상법개정 일제 정비가 필수이고, 60대 후반 대표라면 이 정비와 가업승계 골든타임 진입을 한 번에 묶어 처리해야 시간을 산다는 것이 핵심입니다.

BizMaster는 28년차 장수기업의 상법개정 정관 일제 정비, 자기주식 이익소각·임원퇴직금 재원 분리, 임원퇴직금 지급규정 별도 제정, 가업승계 D-3년 골든타임 진입, 경영인정기보험 사업연속성 설계까지 한 번에 묶어 설계해 드립니다. 정관 한 번 잘 손 보면 향후 10년 절세와 승계가 결정됩니다.